Durante o III Encontro de Filosofia e História da Ciência do Cone Sul, promovido pela AFHIC  (Associação de Filosofia e História da Ciência do Cone Sul) em Águas de Lindóia, SP, em 2002, foi proposta a criação de Grupos de Trabalho Temáticos. Vários participantes do referido congresso que se dedicam à pesquisa de história e filosofia das ciências da vida começaram a se organizar nesse momento. Em uma conversa entre os professores Waldir Stefano (Universidade Presbiteriana Mackenzie) e Gustavo Caponi (Universidade Federal de Santa Catarina) surgiu a idéia de criar um evento específico de Filosofia e História da Biologia.

       Os professores Waldir Stefano e Arlete Stucchi (Universidade Presbiteriana Mackenzie) se entusiasmaram com a idéia e, com apoio do prof. Luiz Carlos Salomão (falecido em 2006) e da Reitoria da Universidade Presbiteriana Mackenzie organizaram efetivamente o I Encontro de Filosofia e História da Biologia, que ocorreu de 22 a 23 de agosto de 2003 naquela Universidade. Desde esse primeiro evento a iniciativa contou com apoio financeiro do Fundo Mackenzie de Pesquisa (Mack Pesquisa).

       O objetivo deste Encontro foi o de fomentar o debate em torno das questões epistemológicas da Biologia ao longo do seu desenvolvimento como ciência. Deste modo, tendo em vista a ausência de fóruns no cenário brasileiro, nessa área, o encontro visava estimular debates interdisciplinares entre pesquisadores, professores e alunos.

       A iniciativa teve continuidade nos anos seguintes com outros eventos, todos eles realizados na Universidade Presbiteriana Mackenzie:
· II Encontro de Filosofia e História da Biologia, nos dias 20 e 21 de agosto de 2004
· III Encontro de Filosofia e História da Biologia, nos dias 19 e 20 de agosto de 2005
· IV Encontro de Filosofia e História da Biologia, nos dias 17, 18 e 19 de agosto de 2006.

       Desde o primeiro desses congressos, as reuniões contaram com a participação de pesquisadores de vários Estados brasileiros. A partir do segundo Encontro iniciou-se a participação de convidados estrangeiros:
· Pablo Lorenzano, da Universidade de Quilmes, Argentina
· Marc J. Ratcliff, da Université de Genève, Suíça
· Gisela Lamas, da Universidad Nacional de La Plata, Argentina
· Vicente Dressino, da Universidad Nacional de La Plata, Argentina
· Palmira Fontes da Costa, da Universidade Nova de Lisboa, Portugal

       Os Encontros contaram com a participação crescente de pesquisadores e estudantes de diversas instituições, o que mostrou a existência de um forte interesse pela área e a importância de um espaço de diálogo e apresentação de trabalhos. Todos os eventos contaram com o forte apoio do Mack Pesquisa e o último (IV Encontro) também teve o auxílio da FAPESP (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo).

       À medida que esses Encontros se consolidavam, ampliavam e estimulavam uma interação mais forte por parte dos pesquisadores da área, surgiu a proposta de fundar uma associação que congregasse os pesquisadores de filosofia e história da biologia.

       Durante o planejamento do IV Encontro, a comissão organizadora divulgou amplamente a proposta de criação da nova associação, enviando mensagens para grande número de pesquisadores brasileiros de filosofia e história da biologia (independentemente de sua participação nos Encontros anteriores). A mesma comissão elaborou uma proposta de Estatuto, que circulou entre os interessados e que, depois de passar por uma análise por parte do advogado Edgard Jeronimo Dempsey, escolhido para assessorar a associação, foi submetido aos presentes e aprovado por ocasião da assembléia de criação da ABFHiB, no dia 17 de agosto de 2006. Logo em seguida foram eleitos a primeira Diretoria e o primeiro Conselho da Associação.

Primeira Diretoria da ABFHiB (gestão de agosto de 2006 a agosto de 2009)
· Presidente: Lilian Al-Chueyr Pereira Martins (Pontifícia Universidade Católica de São Paulo) 
· Vice-Presidente: Gustavo Andrés Caponi (Universidade Federal de Santa Catarina) 
· Secretário: Waldir Stefano (Universidade Presbiteriana Mackenzie) 
· Tesoureira: Maria Elice Brzezinski Prestes (Universidade de São Paulo) 

Conselheiros (gestão de agosto de 2006 a agosto de 2009):
· Aldo Mellender de Araújo (Universidade Federal do Rio Grande do Sul) 
· Anna Carolina Krebs Pereira Regner (Universidade do Vale do Rio dos Sinos - Unisinos) 
· Charbel Niño El-Hani (Universidade Federal da Bahia)
· Nélio M. V. Bizzo (Universidade de São Paulo)